临床上，首先需要把胰腺癌与其他胰腺占位性疾病分开，比如一些胰腺的良性肿瘤以及囊性疾病。通常情况下，可以根据血液的肿瘤标记物以及影像学的检查来区分这些疾病。
一般来说，良性肿瘤并不会引起糖类抗原199、125以及癌胚抗原的显著异常，并且，CT以及磁共振能够较好地区分胰腺癌与实性甲乳头状瘤、胰腺导管内乳头状瘤、黏液性和浆液性囊腺瘤、胰腺的囊肿等疾病。
其次，胰腺癌还需与其他消化系统疾病相鉴别，比如胰腺癌会引起患者腹痛、恶心、呕吐、黄疸等症状，需与消化道溃疡、肿瘤、胆系结石、炎症等相鉴别。
