真菌性角膜炎的主要治疗原则为早发现、早治疗，可以避免疾病进一步发展，也可以降低治疗的难度。
真菌性角膜炎主要的治疗措施为药物治疗，比较常见的药物为抗真菌药物。但应注意由于抗真菌药物全身应用时毒性相对较大，因此一般采取局部用药，还可辅助口服维生素类药物。但对于病情严重者，局部用药效果并不理想，可能需要全身应用抗真菌药物。
真菌性角膜炎者，如果病情比较严重或使用药物治疗效果不理想，可考虑手术进行治疗。通常需要借助显微镜进行清创术，需要刮除病变的组织，然后再使用抗真菌药物进行联合治疗。
