真菌性角膜炎并不具备传染性，所以不会传染。但对于一只眼睛发生真菌性角膜炎者，则需要做好另外一只眼睛的保护。如果健康眼球出现轻微的眼表擦伤时，可能会导致患眼的病菌通过破口，对好的眼睛进行侵犯，从而导致另外一只正常的眼睛，发生真菌性的角膜炎。
真菌性角膜炎的真菌为一种条件致病菌，如眼睛受到外伤或者合并有其他疾病时，可能会导致真菌感染，所以本病并不属于传染性的疾病。比较常见的全身性基础疾病包括免疫性疾病、糖尿病等。此外，长时间使用激素类药物以及配戴隐形眼镜，也有可能会诱发真菌性的角膜炎。
