外科手术是治疗胃肠道间质瘤的唯一手段，也是无转移病灶时的首选治疗，必要时加用药物治疗。
手术原则要求完整切除、保证切缘阴性并极力避免肿瘤破裂溢出，手术应争取全切除，并在保证全切除的条件下，尽可能多保留脏器的功能，肿瘤直径小于5cm者，切缘应大于2cm。
需要了解肿瘤原发部位、肿瘤大小、核分裂象和肿瘤破裂，还要记录其他提示恶性的指标，包括切缘情况、危险度评估、免疫组化检测以及与预后相关的其他病理参考指标等重要信息。
根据病理报告选择是否继续进行分子靶向药物治疗。
