尖锐湿疣在临床上有一小部分的患者随着免疫力的提高可能会自愈，但只占很小一部分，大多数患者需要采取CO2激光冷冻或综合治疗才能痊愈。
尖锐湿疣常见的治疗方法为药物治疗、物理治疗、和光动力治疗，如果发生癌变还得进行手术治疗。物理治疗主要包括冷冻疗法、激光治疗、微波治疗、电灼疗法以及β射线治疗。
尖锐湿疣虽然通过有效治疗后可达到临床治愈的目的，但是由于有部分患者的皮肤黏膜内仍有肉眼看不到HPV病毒也称亚临床感染存在，因此需要给予光动力治疗或定期复查，一旦发现肉眼可见的疣体应立即予以治疗。另外治疗期间避免性生活，性伴侣也要同治。
