光动力学疗法治疗尖锐湿疣的安全性非常好。因为光动力疗法的具体操作是先在疣体上涂光敏剂，然后封包3小时后再照635nm左右的红光约半小时左右。整个治疗过程没有系统用药，只有局部处理，因此很安全，不会出现严重的不良反应和系统性不良反应。
照光过程中会产生疼痛，照射后1-3天会出现红肿、瘙痒、疼痛、甚至糜烂的表现，但通过对症治疗会快会消失，不容易留下疤痕。
治疗期间要做好个人的卫生和护理，内裤要经常更换，每天可以使用温水清洗外阴。治疗期间不可以有性生活，预防交叉感染。
