颅底凹陷的具体治疗需要根据症状而定，如果患者没有出现明显症状，可能是骨性结构发育异常导致，一般不会对脑组织造成影响，所以不需要过于担心或者是干预治疗。
但如果颅底凹陷伴随先天异常，比如小脑扁桃体下陷、脊髓空洞、寰枢椎脱位等，从而诱发大小便失禁、走路不稳、手脚萎缩等神经功能障碍症状，这时需要采取手术治疗，解除对脊髓的压迫，改善神经功能。
手术方式根据病情不同，手术方式不同，手术方式包括后颅窝减压、齿突切除术、寰枢椎脱位加压撑开复位术等，每种手术方式是针对特定的畸形制定的。
