肾病综合征的预后跟患者的病理类型、临床表现、治疗效果有很大关系，所以不同患者预后往往有差异。
病理类型较好的患者，激素或者是免疫抑制剂治疗往往效果较好，大部分患者可以得到临床缓解，甚至是完全缓解，如轻微病变型肾病、轻度系膜增生性肾小球肾炎。而有些病理类型较差的肾病患者往往治疗效果差，预后也较差，容易进展为终末期肾病，像系膜毛细血管性肾小球肾炎、局灶节段性肾小球硬化。
对于存在大量蛋白尿、严重高血压、肾功能损害也较严重，以及严重并发症的患者，预后也较差。治疗过程中，激素抵抗型患者的预后往往比激素敏感型患者的预后要差很多。
