IgA肾病的病因有原发性和继发性之分。
如果是原发性IgA肾病，主要是免疫因素和遗传因素引起。免疫因素主要包括IgA1分子的糖基化异常，诱发自身抗体形成免疫复合物，导致肾脏的正常结构发生变化，引起IgA肾病。而遗传因素主要是指IgA肾病具有家族聚集倾向，如果直系亲属中有IgA肾病患者，会导致下一代患IgA肾病的几率明显上升。
但如果IgA肾病是继发性因素引起，多与过敏性紫癜、病毒性肝炎、肝硬化等因素有关，如果出现急性上呼吸道感染或者急性扁桃体炎等疾病，也会诱发IgA肾病。
