慢性结膜炎是比较顽固的，不容易彻底根治。
慢性结膜炎病因复杂，来自外源的各种微生物，如细菌、病毒、衣原体、真菌、寄生虫等，通过衣物、毛巾、昆虫等传染途径导致结膜炎症。由于病原菌的多样性和生活使用品的持续使用，以至于给慢性结膜炎的治疗带来了一定困难。同时相比较于急性结膜炎，症状更轻，往往患者不注重就医，经常自行药买药作为治疗，也是久治不愈的原因。治疗方面我们强调针对致病菌局部使用有效药物治疗，而不是“眼药水”都是有效药物。这也是慢性结膜炎难以治愈的因素。
慢性结膜炎的治疗，除了使用药物进行治疗之外，还需要养成好的用眼习惯。避免长时间疲劳用眼，在饮食方面避免辛辣食物，同时也要避免佩戴隐形眼镜，都有利于慢性结膜炎的治疗。
