慢性扁桃体炎如果反复发作，主要的根治方法为手术治疗。
扁桃体切除术是将全部的扁桃体以及相关的被膜一并切除，主要包括挤切法和剥脱法两种。若为儿童患者一般采取挤切法，成人患者一般采取剥脱法。扁桃体切除术手术需要的时间并不长，大约在半小时就可以完成。近年来一般采用低温等离子切除扁桃体，手术时间短、出血少。
扁桃体手术之后需要做好相关护理，对于手术麻醉未清醒者，将头偏向一侧卧位，患者在清醒之后将分泌物吐出。还应及时观察口腔内分泌物的性质、颜色等，保持口腔清洁，可以用淡盐水漱口，早期尽量减少说话。
