大多数的小儿消化道畸形可以通过手术的方式进行治疗。
小儿消化道畸形严重者会导致患者出现死亡，由于畸形的严重程度不同，术后恢复效果也会有很大的差异。如果畸形情况很轻，可以通过手术进行治疗的话，那么对患者预后有很大好处，有些患者在康复后可以正常生活，不会因为消化道畸形而造成任何的影响。较为严重的消化道畸形也可以通过手术治疗，但可能会出现生长发育缓慢等不好的影响。
小儿消化道畸形并不是不可治愈，加上术后定期随访可以逐步恢复功能。
