亚急性甲状腺炎治疗包括甲状腺激素抑制剂、促甲状腺激素以及硫脲类药物的使用。
大部分病人只需要对症处理即可，无需使用甲状腺激素。轻型的病例可采用一些止痛药物来缓解症状。48小时内症状不能缓解的，可短期使用糖皮质激素和其他非类固醇抗炎药，可迅速缓解临床表现。
本病常伴有甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退过程，甲状腺功能亢进往往不需要治疗。但是甲状腺功能减退严重的情况时需要用甲状腺激素替代治疗。需要注意的是甲状腺激素与糖皮质激素不同，不会对身体有太大的副作用。
