临床上没有化脓性鼻窦炎这一诊断，一般是指慢性单纯性鼻窦炎，慢性单纯性鼻窦炎需与以下疾病进行鉴别诊断：
1.真菌性鼻窦炎：常见致病菌是霉菌，如曲霉菌、念珠菌、毛霉菌等，临床症状为鼻塞、流脓涕、涕血、恶臭，鼻窦CT可见窦腔内不均匀密度增高影、高密度钙化斑。慢性单纯性鼻窦炎的致病菌主要以细菌感染为主，临床症状为鼻塞、流脓涕、头痛、发热不适，鼻窦CT可见窦腔内不同程度的炎性病变。
2.鼻腔鼻窦内翻性乳头状瘤：主要表现为持续性鼻塞、脓涕，伴血涕，或反复鼻出血。鼻窦磁共振可查看肿瘤起源和范围。
3.过敏性鼻炎：主要表现为鼻塞、鼻痒、打喷嚏、流清涕症状。
