褪黑素的副作用会引起内分泌功能失调、影响生育、或是药物依赖。
褪黑素是属于具有调理神经功能的作用药物，适量的吃褪黑素有治疗失眠的作用。有提高身体抵抗力水平的功能，可以使人少得疾病，特别是如外感疾病。另外褪黑素还有抗衰老的功能，使人看上去比较年轻，有美容美颜效果。
但是虽然是有比较好的补益性，也不能大量的长期的服用。服用的时间长，机体可能会对其产生抗药，而使其调理的作用下降。其副作用就会显现，而对身体造成不良的副作用。引起内分泌功能失调，不但不能调理失眠的症状，还能引起失眠，或对于生育能力而有所影响，需要注意慎重服用。
