急性肾小球肾炎的致病菌主要是链球菌，此外也有非链球菌感染的情况。
临床上大多数病例是急性链球菌感染，溶血性链球菌感染以后发生肾炎的几率为20%。除了乙型溶血性链球菌外，还存在其他细菌比如草绿色链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、伤寒沙门菌等的感染；也有被病毒感染引起急性肾小球肾炎的情况，如柯萨奇病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒、乙型肝炎病毒、流感病毒、巨细胞病毒等等许多病毒；还有白色念珠菌、疟原虫、肺炎支原体、丝虫、钩虫等也会引起急性肾小球肾炎。
