肝胆管结石病同时又称为原发性肝胆管结石，主要是发生在肝内胆管系统的结石，不包括胆囊排出并且迁移至肝内胆管的结石。肝胆管结石病属于胆管结石的一种，主要指左右肝管汇合部以上各分支胆管内的结石，此类疾病可以单独存在，也可能会与肝外胆管结石并存。
肝胆管结石病的发病原因目前还不是很清楚，可能和寄生虫感染、胆道细菌感染以及胆汁瘀滞等有关。此外，胆汁当中的酸性黏多糖、黏蛋白、免疫球蛋白等大分子物质，炎性渗出物、黏膜上皮细胞，均会参与到结石的形成中。
