在排除了生理性的子宫内膜薄后，对于病理性的子宫内膜薄需根据引起的原因，采取相应的治疗方法。
比如通过检查性激素六项，发现雌二醇水平较低所引起的子宫内膜过薄，在月经的第5天开始补充雌激素，连续吃21天，可有效的治疗子宫内膜过薄，并且要坚持3个月经周期才可以达到理想的效果。
另外，由于反复人工流产引起宫腔粘连造成的子宫内膜过薄，临床上需要在宫腔镜下将粘连分离开，然后同时上节育环，术后给予雌激素，促进子宫内膜的修复。如果是子宫内膜结核导致的，需要抗结核治疗。
