大部分的肾结石患者可以通过外科手术将肾中的结石清除干净。只有一小部分的患者病情比较严重、结石的数量多、个体小、部位分散时，解剖结构变异，比较难处理。
治疗肾结石的手术主要有微创手术以及常规的开放手术等。微创手术包括有，经皮肾镜或者是在输尿管镜的引导下进行激光碎石治疗。将肾脏中的结石，在激光的作用下，使结石体积变小，有利于随着尿液排出体外。大部分的患者是可以通过以上的治疗方法，将肾结石全部排出体外。只有一小部分的患者，可能需要经过多次的微创手术治疗，甚至是做开放的手术，才可以将肾结石摘取干净。
