胎儿先天性心脏病和多种因素都有关系，比较常见的是遗传因素，例如多基因病变、单基因突变、染色体易位与畸变、先天性代谢紊乱，这些都可能会诱发先天性心脏病。
其次，如果母亲患有慢性疾病，也可能会增加诱发先天性心脏病的几率，比如苯丙酮尿症、糖尿病等。另外，如果孕期吸食毒品、酗酒、长期抽烟，也可能会影响到胎儿的心脏发育，容易增加先天性心脏病的发病率。
除了上述因素外，怀孕期发生病毒感染、接触有毒的化学物质，也可能会增加先天性心脏病的发生率。
