子宫内膜异位症会引起腹部疼痛，疼痛是内膜异位症的主要症状。有70%-80%的子宫内膜异位症患者，均有不同程度的盆腔疼痛，其中包括痛经、非经期腹痛、性交疼痛以及排便疼痛等反应。
子宫内膜异位症囊肿破裂，还可引起急性腹痛。大部分内膜异位相关疼痛与经期相关。月经期或月经前后加重，这是内膜异位疼痛相对比较典型的症状。但内膜异位症，除非导致了卵巢巧克力囊肿或者子宫腺肌症，或者形成比较大的包块，单纯的盆腔腹膜或者深部的内膜异位症，很难通过超声，核磁等影像学检查发现。更多的是依靠症状，妇科医生的查体发现。还有一部分是手术时发现同时合并子宫内膜异位。
