鼻窦炎的病因非常复杂，主要包括三个方面。第一是呼吸道的感染，第二呼吸道的变态反应性疾病，第三是鼻腔鼻窦解剖结构的异常。这三个因素可以同时存在，相互作用。
首先说呼吸道感染，它又包括细菌感染和病毒感染，病毒感染在儿童比较多见，细菌感染常见的病原体是流感嗜血杆菌，此外鼻窦邻近器官的感染也会引起鼻窦感染，比如牙齿感染了会引起牙源性鼻窦炎，儿童腺样体肥大也会引起小儿鼻窦炎。
呼吸道变态反应性疾病包括过敏性鼻炎、变异性哮喘等，呼吸道变态反应疾病与鼻窦炎相互影响，会增加鼻窦炎的治疗难度。
鼻腔鼻窦解剖结构的异常，由于解剖变异或解剖畸形会对鼻腔鼻窦通气引流造成影响，引起鼻窦炎。这种解剖结构的异常，包括鼻中隔偏曲、鼻甲肥大、鼻窦的窦口狭窄等等。
除了以上原因之外，其他原因还包括气压伤、鼻窦外伤、胃食管反流等。
