引起肝内胆管结石的常见原因主要有以下几点：第一、感染。感染是导致结石形成的首要因素，细菌为常见的感染菌，其中常见的为大肠杆菌、厌氧性细菌。细菌会分泌多种酶使胆红素钙过饱和，从而形成结石。第二、胆道寄生虫病。最常见为胆道蛔虫病和中华分支睾吸虫感染。第三、胆汁淤积。胆汁淤积是原发性胆管结石形成的必要条件。一些胆道狭窄或者胆道结构异常，会使肝内胆汁排除不畅，胆汁淤积，胆汁中的成分沉积从而形成结石。另外，遗传因素及不良的生活方式也会诱发肝内胆管结石的发生。
