引起先天性心脏病的病因目前尚未完全明确，是遗传和环境因素及其相互作用的结果。
大多数先天性心脏病是多基因的遗传缺陷，部分可为单基因遗传缺陷或染色体畸变所致。妊娠2-7周是胎儿心脏相关组织发育的关键期，在此期间子宫内环境变化可能导致心脏发育障碍，如宫内病毒感染（如风疹病毒感染、柯萨奇病毒感染），母体罹患代谢性疾病如糖尿病，母体接触放射线或化学性物质及药物等，缺乏叶酸，高原环境导致宫内缺氧等。在先天性心脏病患者中，能查到病因的是极少数，但加强对孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹、流感等病毒性疾病和避免与发病有关的一切因素，对预防先天性心脏病具有积极意义。
