再生障碍性贫血的预后与多种因素有关，具体分析如下：
如果属于轻型的儿童再生障碍性贫血，由于骨髓抑制程度相对较轻，全血细胞减少的程度较轻，因此大多数患儿在采取及时有效治疗后，可达到较好的预后。且儿童患者在使用强化免疫抑制治疗时，疗效通常会比成人要好。
若为重型的儿童再生障碍性贫血，由于骨髓抑制程度较为严重，且患儿的全身细胞减少程度较为严重，存在重症感染或重要脏器出血导致生命危险的可能，长期输血依赖、反复因感染入院治疗也给患儿生活质量带来极大影响。对于极重型再障，粒细胞低于0.2×109/L，由于重症感染导致感染性休克甚至死亡的风险极高，建议尽早行造血干细胞移植治疗。
