对于房间隔缺损大于4mm以上者，一般建议进行手术治疗。对于位置比较合适者，可选择介入封堵治疗，如果位置并不是特别理想，不能进行介入封堵，则可采取外科手术治疗。
介入封堵术需在超声引导下进行，该方法无需体外循环，创伤性比较小。
对于进行开胸手术者，则需建立体外循环，根据缺损的大小，选择直接缝合或使用补片材料进行修复。
一般情况下房间隔缺损预后较好，但对于缺损比较大以及未进行治疗的患者，容易发生心律失常，还有可能会产生心力衰竭、肺动脉高压等。
