肝门胆管癌的治疗手段较多，有手术切除、化疗、放疗、靶向治疗、免疫治疗、介入治疗等等，临床需要根据患者病灶的大小、患者的耐受情况，来选择相应的治疗方式。手术切除病灶，是目前治疗肝门胆管癌最有效的措施。但若患者不具有手术条件，或者失去根治性切除的机会时，可采取化疗或放疗方式进行辅助治疗。同时，若患者有全身黏膜发黄、陶土样大便等明显的黄疸症状时，可以通过胆内支架置入术，使胆管恢复通畅，改善患者症状之后，再进行相关的治疗。
