甲状腺囊肿属于良性病变，一般不会癌变。但是如果长期发生甲状腺炎反复刺激，则有可能出现癌变。因此对于短期内突然增大的甲状腺囊肿，或体积比较大的，直径大于4cm的，有局部颈部压迫症状的甲状腺囊肿，建议手术切除治疗，术后病理可明确性质。大部分良性甲状腺囊肿，单纯行囊肿切除即可，术后一般不需要特殊治疗。
甲状腺囊肿多数情况下不是真正意义上的肿瘤，是腺体退化改变。由结节性甲状腺肿退化而来的，腺体里面的实质被囊性液体替代后引起的。在手术后可取标本做详细病理学检查确定是否为癌，仅靠B超或其它手段诊断的甲状腺囊肿很少会是癌。
