复杂性肛瘘所引起的肛周瘙痒，可在医生指导下，采取相关药物缓解瘙痒。若患者不符合手术的指征，可先采取保守治疗。如保持大便通畅，防止腹泻和便秘，减少粪便对肛周的刺激，还应保持肛门的清洁，可使用温盐水进行坐浴，避免肛周瘙痒。对于符合手术指征的患者则应及时手术，手术方法包括肛瘘切除术、瘘管切开术、切开挂线术。瘘管切开术需要将瘘管全部切开，刮去瘘管内肉芽组织。肛瘘切除术需将瘘管全部切除，适用于出现纤维化的单纯性以及复杂性肛瘘。切开挂线术，利用橡皮筋，缓慢地切割瘘管组织。
