肝内胆管结石具体的发病原因尚不清楚，研究发现，其发生与感染导致的胆道慢性炎症、胆道存在寄生虫、胆汁淤积以及胆道结构异常等因素密切相关。以上致病因素可以堵塞胆道，使胆道变得狭窄，影响胆汁的正常排泄。而淤积的胆汁不断的刺激胆道壁，就会形成结石。不良的饮食习惯、生活习惯以及遗传等因素也是诱发肝内胆管结石的原因。比如，患者长期食用难消化的食物，容易诱发胆囊感染，继而导致结石的发生。研究发现，香烟和酒精中的某些物质也会对结石的生成具有促进作用，且部分结石患者可呈家族遗传性发病。
