大多数的甲状腺囊肿可以不手术，具体还是因个人实际病情而异。
对于囊肿较小且没有症状的患者，保持观察，定期复查即可。如囊肿突然增大，或压迫神经、气管、食管的患者应及时进行治疗。可以穿刺抽吸囊液后对囊肿实质部分进行细针穿刺以确定性质，良性的可随访、甲状腺素抑制治疗或中医中药治疗，如发现癌细胞或可疑癌细胞的需手术治疗。
另外有的人囊肿抽吸后仍会复发，可再次穿刺，囊内注射硬化剂治疗，必要时可行甲状旁腺素(PTH)检测，除外甲状腺旁腺囊肿。
