直肠恶性肿瘤主要通过以下方式确诊：
1.内镜检查：分为肛门镜和纤维肠镜，是临床上用于确诊直肠恶性肿瘤的金标准。该种检查不仅仅可以取患者肿瘤活检病理诊断是否为直肠恶性肿瘤，还可以判断患者是否有合并结肠癌。
2.直肠指检：由于我国直肠癌中，低位直肠癌占60％-70％，因此体格检查中直肠指检对怀疑有直肠癌的患者来说是非常重要的一项检查手段。
3.实验室检查：对直肠癌的特异性诊断意义不大，但考虑到经济性的原因，医生常常会选用。如大便隐血实验和肿瘤标记物（CEA）检查。
4.影像学检查：直肠癌获得病理诊断后，可以通过影像学检查来进一步地进行临床分期。
