桥本氏甲状腺炎的病因在临床上比较复杂，目前而言它产生的机制不明，现在医学上还没有研究清楚，但是可能和遗传、环境以及自身免疫有关。
其中最主要的病因是自身免疫紊乱，会出现一些自身免疫抗体，比如甲状腺过氧化酶抗体、甲状腺球蛋白抗体，这些抗体对甲状腺可能有一定的自身破坏作用，会引起甲状腺滤泡的破坏，会导致甲减的出现。
所以说自身免疫紊乱是桥本氏甲状腺炎的最重要的病因，但是在这个过程中，过量的碘摄入可能会加剧或者是促进桥本氏甲状腺炎疾病的进展。
