在临床当中，肺部真菌病根据感染真菌类型的不同，临床表现及后果也不同，且由于肺真菌病多发生于器官移植术后的患者、免疫缺陷病患者等，患者通常不易治愈，部分患者预后和结局不佳。
例如，正常人患有肺真菌病，如为轻者，多无后遗症，可治愈。如为免疫力低下、体质欠佳者，感染链球菌可引起休克；感染曲霉菌可影响肺功能、出现大出血；感染肺孢子菌可导致呼吸窘迫、呼吸衰竭，病死率高。
因此，患有肺真菌病的患者应谨遵医嘱，配合医生、进行积极的治疗。
