胚胎停育的原因比较复杂，和遗传因素、免疫因素、内分泌因素以及代谢等因素有关。其中夫妻双方以及胚胎染色体存在异常的概率比较大，胚胎停育发生的时间越早，染色体异常的概率会越高。其次，孕妇黄体功能不全或卵巢功能异常以及多囊卵巢综合征等，均可引起胚胎停育。胚胎停育刚发生时，有少部分孕妇可能并没有症状，因为在刚发生胚胎停育时，胎盘受精卵还会暂时性分泌人绒毛膜促性腺激素，但有部分女性会出现阴道流血、腹部疼痛，早孕反应逐渐减退或消失的情况。
