小儿便秘根据病因可分为器质性便秘和功能性便秘。
器质性便秘要考虑是由于疾病因素影响，例如先天性肌无力、先天性巨结肠、营养不良、佝偻症、节段性肠梗阻或者由于痔疮疾病引起的症状。这类疾病都会导致肠壁肌肉乏力，而肠道功能蠕动速度变慢引起便秘。
功能性的便秘要考虑是由于饮食不足、饮水少、偏食、不定时排便所导致。饮食不足、偏食时会导致身体内没有足够的营养，膳食纤维素较少会导致腹肌和肠道的肌张力变低，肠蠕动减慢而引起了便秘现象。排便习惯要从婴儿时期培养，不定时排便，粪便在肠道内停留堆积过久，粪便中水分过度吸收，也可导致便秘。
