鼻窦炎的临床症状主要有鼻塞、脓涕、头痛和嗅觉障碍等，急性发作期患者可能会有全身症状，如发热、畏寒、精神差等。如果鼻窦炎症侵犯周围组织，还可能会出现眼睛红肿、疼痛甚至视力下降、颅内感染等。慢性鼻窦炎的伴随症状可有头昏，记忆力减退等。鼻塞是鼻窦炎的主要症状，鼻腔鼻窦黏膜的肿胀，分泌物积聚，鼻甲黏膜及骨质增生，鼻息肉形成等导致鼻腔通气道狭窄从而产生鼻堵。鼻窦炎分泌物多为黄脓性，可倒流入鼻咽部引起咽喉部不适。鼻窦的引流障碍，鼻黏膜肿胀等可以导致头痛、嗅觉减退等。
