房间隔缺损患者的治疗方式取决于患者的临床症状和心脏功能结构状况。房间隔缺损面积较小的患者，一般无明显临床症状，予观察保守治疗，但应该定期复查超声心动图、心电图等，以防疾病进展。
当患者出现肺部感染、生长发育迟缓、劳力性呼吸困难、各类心律失常、栓塞等肺循环淤血、右心血量增加、体循环血量不足、右心传导阻滞、肺动脉高压等临床表现时，说明房间隔缺损分流量增大，药物治疗无明显作用，需施行微创介入封堵或外科手术治疗。
对于症状较轻、中型房间隔缺损患者可采取介入封堵术；对于缺损较大、缺损部位特殊、特殊类型缺损，如原发孔型、冠状窦型、静脉型房间隔缺损需行外科手术、补片植入等治疗。
