房间隔缺损能自愈，一般说的房间隔缺损自愈指的是部分患儿出生时卵圆孔未闭合，而在出生后由于体循环压力逐渐升高导致卵圆孔功能上的关闭。而其他类型房间隔缺损自愈的可能性很小。
卵圆孔是由心房间的原发隔与心内膜垫融合后形成。卵圆孔是胎儿时期胎儿循环的重要结构基础，多数卵圆孔在出生后3年内(尤其是1岁以内）可以自行闭合，其机制是胎儿出生后无胎儿循环，完全依靠自身体循环供血，左心房压力逐渐上升，由于左右心房的压力差，左侧原发隔紧贴到右侧原发隔上，形成卵圆孔功能上的闭合。
其他类型的房间隔缺损一般是由于先天性发育缺陷造成的，出生后虽有继续发育至闭合的可能性，但很少能自愈。
