儿童IgA肾病同成人IgA肾病一样，原则上来说，没有彻底治愈的概念，但是临床上约有10-30%的患儿可以自愈，不再出现血尿的情况。
大多数患儿的病情会长期存在，病情可轻可重，其预后主要取决于病理类型及蛋白尿水平，有无高血压及血肌酐升高。对于仅表现为单纯镜下血尿、蛋白尿阴性的患儿，通常病理分级在2级以下，病情比较稳定，可口服中药，坚持定期随访即可，配合规律的生活作息及健康的饮食方式，通常预后较好。
对于病理分级3级以上，出现了中到大量蛋白尿，甚至肾功能不全的患儿，预后差，尽管经过规范化治疗后，能够控制稳定，但是仍有可能复发。
