间质性肾炎的预后取决于患者引起间质性肾炎的病因，如果是急性间质性肾炎预后较好，其原因主要是与非甾体类抗炎药物、过敏因素所致，只要病因去除，如：非甾体药物所致的急性间质性肾损害，停止使用药物，注意对症治疗和休息，一般会逐渐自然恢复正常；过敏性原因引起的急性间质性肾炎积极治疗后，绝大多数可以完全恢复。
少数慢性间质性肾炎患者预后较差，如：系统性红斑狼疮病、淋巴瘤、肾淀粉样变性等，由于病因长期存在或慢性肾功能损害持续存在，导致病情迁延，缓慢进展进而肾功能不全，逐渐演变为慢性肾功能衰竭，预后不良。
