心内膜垫缺损目前并不能自愈，因为该类疾病属于一种复杂的先天性心脏病，分为部分性心内膜垫缺损和完全性心内膜垫缺损，一旦发生后要通过手术进行治疗。手术治疗的目的是关闭房间隔缺损、室间隔缺损，恢复未出现狭窄的反流二尖瓣，避免传导束损伤。如果是完全性心内膜垫缺损，手术的方法包括双片法、单片法或改良单片法。心内膜垫缺损同时又称为房室间隔缺损或者房室通道缺损，由于胚胎时期，心室流入心内膜垫融合过程中发育障碍所引起。
