卵巢囊肿持续存在，并存在逐渐增大的情况，尤其是大于5公分时，一般建议采取手术治疗。若卵巢囊肿为实质性或囊实性，或绝经后出现的卵巢囊肿，或伴随腹部疼痛、下腹部坠胀不适者，也建议手术切除囊肿。手术方式可以选择腹腔镜、单孔腹腔镜及开腹手术，切除范围主要包括输卵管卵巢切除术、卵巢囊肿切除术，可根据患者年龄、生育情况、个人要求及肿瘤的大小、性质等不同的情况选择合适的术式。
并非所有的卵巢囊肿都需要进行治疗，绝大多数生理性卵巢囊肿，即使在未经治疗的情况下，在几个月经周期后也可自行消退。若囊肿发生破裂，出血较少时，可先采取保守治疗观察治疗效果。
