小儿腹泻发病的原因分为病理性因素或生理性因素。病理性因素应考虑是肠道内感染或者肠道外感染引起。肠道内感染考虑是感染轮状病毒、诺如病毒、柯萨奇病毒、大肠杆菌、痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌或叶尔森氏菌。而肠道外感染就需要考虑是由于中耳炎、肺炎、泌尿系统炎症引起的症状。生理性因素也要考虑是由于滥用抗生素药物导致肠道内菌群失调，或者由于天气变化导致腹部受凉引起的肠道病变。此外，也有可能是暴饮暴食、食用辛辣刺激油腻的食物引起的。
