唇腭裂的并发症，主要有面部畸形、进食异常、发音异常等。唇腭裂会严重影响外观，尤其是唇裂患者，其上唇是开裂状态，还常伴有面斜裂、面侧裂等先天颌面部的畸形。由于颜面部长时间直接暴露在外界，这种畸形很难掩盖，还常常会使患者非常自卑，出现心理问题。唇腭裂也会引起进食异常，尤其是腭裂患者，其口腔和鼻腔属于相通状态，食物在口腔咀嚼及吞咽时，很容易误入鼻腔，引起呛咳。唇腭裂还会引起发音异常。由于口腔和鼻腔的缺损，会影响患儿的发音，如果不能及时矫正，又可能会引起终生异常。
