卵巢囊肿是有可能会复发的。如果为功能性的卵巢囊肿，跟月经周期有关，发生在月经后半期，一般持续2-3个月会自行消失，通常不需要特殊处理；但是以后的月经周期中也有可能会再次出现。如果为卵巢炎性包块，得到及时恰当的治疗，多数患者是可以治愈的，但日后如果有生殖道炎症逆行感染、邻近器官炎症蔓延等，卵巢炎性囊肿是可能复发的。如果为卵巢子宫内膜异位囊肿，除非是做了根治性术后，术后不用雌激素补充治疗，这种情况下复发的可能性不大；如果选择药物治疗或保守治疗，仍然有复发的可能。
