小儿肌营养不良的治疗主要是采取综合治疗的方法去除病因，治疗继发疾病，同时调整饮食，补充能量。
如果发生的低血糖需要在医生的指导下进行补液治疗，同时可以使用类固醇类以及维生素类的药物帮助小儿提高食欲，促进消化。
在饮食方面注意调整饮食结构，使小儿摄入的营养物质更加均衡，以利于生长发育，母乳喂养的需要按需哺乳，人工喂养的需要逐渐增加奶量以及浓度。日常的辅食添加注意按时恰当，对于较大的儿童要避免挑食，丰富饮食结构，多食用富含蛋白质的食物。家长在日常注意监测小儿的生长发育，测量的身高体重，如果出现异常，及时就诊。
