发生急性脑干梗塞的患者首先应该进行紧急的溶栓治疗。但是，溶栓是有时间限制的，如果患者在发病后六小时内就医，并且在完善相关检查之后，没有发现溶栓的禁忌证，就可以接受溶栓治疗。经过溶栓治疗的患者，预后相对较好。如果患者在就医时已经错过了溶栓的窗口期，则只能采取保守治疗。目前对于急性脑干梗塞的保守治疗主要是使用抗血小板聚集药物、调脂稳斑药物、改善循环药物以及营养神经药物等。另外，如果患者出现了颅内压增高等并发症，还需要使用相关的药物，比如利尿剂来进行治疗。
