扁桃体结石根治可采取手术的方法，如扁桃体切除。其目的为切除患有慢性炎症的扁桃体和其上面的结石，去除结石的同时还可以避免复发。因为单纯地取出结石，结石在取出之后，可留下空隙，食物残渣以及异物容易滞留在扁桃体内。且大多数扁桃体结石患者伴有扁桃体慢性炎症，因此容易导致结石反复发生，行扁桃体切除手术之后则可避免此问题。但并非所有扁桃体结石患者都需要治疗，若患者无不适症状，大多数的扁桃体结石并不需要做特殊治疗。若患者存在咽部肿胀、疼痛、吞咽困难，咽部异物感、口腔异味等不适症状时，则可采取手术。
