卵巢囊肿的治疗要根据具体情况来分析，如果考虑为功能性卵巢囊肿，常见的是育龄期女性的滤泡囊肿和黄体囊肿，它们跟月经周期密切相关，往往是一过性的，一般月经过后复查会自行消失，这种情况是不需要处理的。如果3个月后复查发现卵巢囊肿持续存在或者增大，则需要考虑病理性卵巢肿瘤，持续存在超过3个月且直径大于5cm的囊肿，建议手术治疗。
如果卵巢囊肿为卵巢子宫内膜异位囊肿，要根据患者的症状、年龄、生育要求等来决定选择期待治疗、药物治疗还是手术治疗。如果卵巢囊肿考虑为肿瘤，性质不明，需要具体来看。良性则根据是否绝经选择剥除囊肿或卵巢切除，恶性的则手术治疗，必要时需扩大手术范围。此外，需要提醒的是，卵巢囊肿蒂扭转、破裂时，需急诊手术治疗。
